单细胞 (i) R 包 (iCellR)

iCellR 是一个交互式 R 包，旨在简化高通量单细胞测序数据的分析和可视化。它支持多种单细胞技术，包括 scRNA-Seq、scVDJ-Seq、scATAC-Seq、CITE-Seq 和 空间转录组学（ST）。

使用最新版本的 iCellR（v1.6.4）进行 scATAC-seq 和空间转录组学（ST）分析。利用 i.score 函数基于基因特征进行细胞评分，支持的方法包括 Tirosh、Mean、Sum、GSVA、ssgsea、Zscore 和 Plage。

探索 iCellR 版本 1.5.5，新增加了细胞周期分析工具（阶段 G0、G1S、G2M、M、G1M 和 S）。查看示例 phase，新增伪时间抽象 KNetL（PAK 图）功能——可视化伪时间进程 (PAK 图)。使用更新的可视化工具执行基因-基因相关性分析。相关性。

探索 KNetL 图，一种先进的可调节动态降维方法 KNetL 图

KNetL（发音“nettle”）提供增强的缩放能力 KNetL，显示的细节远超 tSNE 和 UMAP。

引入 插补和覆盖校正（CC） 方法以改进基因-基因相关性分析。(CC)。使用 iCellR 的 CPCA 和 CCCA 工具执行 批次对齐（CCCA 和 CPCA）方法。扩展的细胞类型预测数据库现包括 ImmGen 和 MCA。

scSeqR 已更名为 iCellR，并停止支持 scSeqR。请改用 iCellR，因为 scSeqR 不再维护。iCellR 新增了 UMAP。新增交互式 细胞门控，允许用户通过 Plotly 在 HTML 图中直接选择细胞。

手册 链接手册和综合 R 存档网络 (CRAN)。
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CITE-Seq 和 scRNA-Seq 分析视频教程链接：视频
KNetL 图的全部内容介绍：视频
如果您使用 FlowJo 或 SeqGeq，它们提供 iCellR 和其他单细胞分析工具的插件。您可以在此处找到所有插件列表：https://www.flowjo.com/exchange/#/ 。具体的 iCellR 插件可在此处找到：https://www.flowjo.com/exchange/#/plugin/profile?id=34。此外，SeqGeq 差异表达（DE）教程可指导您完成流程：SeqGeq DE 教程

引用 iCellR 请使用此文献 PMID: 34353854

iCellR publications: PMID: 35660135 (scRNA-seq/KNetL) PMID: 35180378 (CITE-seq/KNetL), PMID: 34911733 (i.score and cell ranking), PMID: 3496305501427-6?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867421014276%3Fshowall%3Dtrue) (scRNA-seq), PMID 31744829 (scRNA-seq), PMID: 31934613 (bulk RNA-seq from TCGA), PMID: 32550269 (scVDJ-seq), PMID: 34135081, PMID: 33593073, PMID: 34634466, PMID: 35302059, PMID: 34353854