Single (i) Cell R パッケージ (iCellR)

iCellR は、高スループット単一細胞シーケンスデータの解析と可視化を支援するインタラクティブな R パッケージです。scRNA-Seq、scVDJ-Seq、scATAC-Seq、CITE-Seq、および Spatial Transcriptomics（ST）など、多様な単一細胞技術をサポートします。

メンテナ: Alireza Khodadadi-Jamayran

ニュース（2021年4月）

scATAC-seq および Spatial Transcriptomics (ST) 分析には最新の iCellR バージョン (v1.6.4) を使用してください。i.score 関数を活用して、Tirosh, Mean, Sum, GSVA, ssgsea, Zscore, Plage などの方法で 遺伝子シグネチャに基づく細胞のスコアリング が可能です。

ニュース（2020年7月）

iCellR バージョン 1.5.5 では、細胞周期解析ツール（フェーズ G0, G1S, G2M, M, G1M, S）が追加されました。例の phase をご覧ください。新しい擬似時間抽象化 KNetL (PAK マップ) 機能が追加され、擬似時間の進行を可視化できます (PAK マップ)。更新された可視化ツールを用いて遺伝子間相関分析も可能です。相関。

ニュース（2020年5月）

高度な調整可能かつ動的な次元削減手法である KNetL マップ をご紹介します KNetL マップ

KNetL（「ネットル」と発音）は、tSNE や UMAP と比較して大幅に詳細を表示できる拡大機能を提供します KNetL。

ニュース（2020年4月）

遺伝子間相関解析を改善するための 補完およびカバレッジ補正（CC） 手法を導入しました。(CC)。iCellR の CPCA と CCCA ツールを使用した バッチアラインメント が可能です（CCCA と CPCA）手法。細胞型予測のデータベースが拡充され、ImmGen と MCA が含まれています。

ニュース（2018年9月）

scSeqR は iCellR に名称変更され、scSeqR はサポート終了となりました。今後は iCellR をご利用ください。iCellR に UMAP が追加されました。インタラクティブな 細胞ゲーティング 機能が追加され、Plotly を用いた HTML プロット内で直接細胞選択が可能です。

チュートリアルとマニュアル

マニュアル Manual および Comprehensive R Archive Network (CRAN) へのリンク。
はじめに と チュートリアル は当社の Wiki ページをご覧ください。
CITE-Seq および scRNA-Seq 解析のビデオチュートリアル: Video
KNetL マップに関するすべて: Video
FlowJo または SeqGeq を使用している場合、iCellR および他の単一細胞解析ツールのプラグインを提供しています。すべてのプラグイン一覧は https://www.flowjo.com/exchange/#/ にあります。特に iCellR プラグインはこちらです: https://www.flowjo.com/exchange/#/plugin/profile?id=34。さらに、SeqGeq の差次的発現（DE）チュートリアルも用意されています: SeqGeq DE tutorial

iCellR を引用する場合はこちらを使用してください PMID: 34353854

iCellR publications: PMID: 35660135 (scRNA-seq/KNetL) PMID: 35180378 (CITE-seq/KNetL), PMID: 34911733 (i.score and cell ranking), PMID: 3496305501427-6?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867421014276%3Fshowall%3Dtrue) (scRNA-seq), PMID 31744829 (scRNA-seq), PMID: 31934613 (bulk RNA-seq from TCGA), PMID: 32550269 (scVDJ-seq), PMID: 34135081, PMID: 33593073, PMID: 34634466, PMID: 35302059, PMID: 34353854