warbleR:简化生物声学分析 ================
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warbleR 旨在 促进动物声学信号结构在 R 中的分析。用户可以收集开放获取的鸟类录音或将自己的 数据输入到工作流程中,从而方便声谱图可视化和 声学参数测量。 warbleR 利用 seewave 包的 基础声音分析工具,并提供新的 声学结构分析工具。这些工具可用于 批量分析声学信号。
该包的主要功能包括:
- 多样化的声学结构测量工具
- 通过循环将任务应用于选择表中引用的
- 在工作目录中生成含声谱图的图片,
该包提供以下功能:
- 浏览和下载 Xeno‐Canto 录音
- 浏览、组织和操作多个声音文件
- 自动检测信号(在频率和时间上)(但请查看 R 包
- 创建完整录音或单个信号的声谱图
- 运行不同的声学信号结构测量
- 评估测量方法的性能
- 信号分类
- 描述声学信号中的不同结构层级
- 二重奏协调的统计分析
- 整合数据库和注释表
效率。还提供了工具来评估每一步分析的性能。
安装
按照如下方式从 CRAN 安装/加载该软件包:
`` r
install.packages("warbleR")
load package
library(warbleR)
要从github安装最新的开发版本,您需要R包
remotes: r
remotes::install_github("maRce10/warbleR")load package
library(warbleR) ``使用方法
该软件包包含多个小插图,详细说明其主要功能。warbleR简介提供了软件包功能的概述。注释数据格式小插图详细描述了输入注释所需的格式。此外还有三个额外的软件包小插图,提供了在声学分析工作流中组织函数的示例。
关于该软件包的完整描述(虽然有些过时)可参见这篇期刊文章。
其他软件包
seewave和tuneR这两个软件包提供了大量用于声学分析和处理的函数。它们主要针对已导入到R环境中的波形对象进行操作。baRulho软件包专注于量化栖息地诱导的声学信号退化,数据输入和输出类似于warbleR。Rraven软件包方便在R和Raven声学分析软件(康奈尔鸟类学实验室)之间交换数据,非常适合将Raven作为注释工具融入R中的声学分析工作流。ohun软件包用于声音事件的自动检测,提供诊断和优化检测流程的函数。dynaSpec可用于创建动态图谱(即声谱视频)。
引用
请按照以下方式引用 warbleR:
Araya-Salas, M. 和 Smith-Vidaurre, G. (2017),*warbleR: an r package to streamline analysis of animal acoustic signals*。Methods Ecol Evol. 8, 184-191。
注意:如果您使用了任何创建频谱图或声学测量的函数,请同时引用 tuneR 和 seewave 软件包
--- Tranlated By Open Ai Tx | Last indexed: 2026-06-13 ---