🌐 Язык

warbleR: Упрощённый биоакустический анализ ================

логотип warbleR

warbleR предназначен для облегчения анализа структуры акустических сигналов животных в R. Пользователи могут собирать открытые записи птиц или вводить свои данные в рабочий процесс, который упрощает спектрографическую визуализацию и измерение акустических параметров. warbleR использует основные инструменты анализа звука пакета seewave и предлагает новые инструменты для анализа акустической структуры. Эти инструменты доступны для пакетного анализа акустических сигналов.

Основные возможности пакета:

Разнообразные инструменты для измерения акустической структуры
Использование циклов для применения задач к акустическим сигналам, указанным в

таблице выбора

Создание изображений в рабочем каталоге с спектрограммами, чтобы

пользователи могли организовывать данные и проверять акустический анализ

Пакет предлагает функции для:

Исследования и загрузки записей Xeno‐Canto
Исследования, организации и обработки множества звуковых файлов
Автоматического обнаружения сигналов (по частоте и времени) (но ознакомьтесь с пакетом R

ohun для более продвинутой и удобной реализации)

Создания спектрограмм для полных записей или отдельных сигналов

Запустите различные меры структуры акустического сигнала
Оцените эффективность методов измерения
Каталогизируйте сигналы
Охарактеризуйте различные структурные уровни в акустических сигналах
Статистический анализ координации дуэтов
Консолидируйте базы данных и таблицы аннотаций

Большинство функций позволяют параллелизацию задач, что распределяет задачи между несколькими процессорами для повышения вычислительной эффективности. Также доступны инструменты для оценки эффективности анализа на каждом этапе.

Установка

Установите/загрузите пакет из CRAN следующим образом:

``r install.packages("warbleR")

`load package`


library(warbleR)

Чтобы установить последнюю версию для разработчиков с
github, вам понадобится пакет R
remotes:
 r
remotes::install_github("maRce10/warbleR")
load package
library(warbleR)

Использование

Пакет включает несколько виньеток, объясняющих его основные функции. В Введении в warbleR представлен обзор возможностей пакета. Виньетка Формат аннотированных данных дает подробное описание требуемого формата входных аннотаций. Также есть три дополнительных виньетки пакета с примерами того, как организовать функции в рабочем процессе акустического анализа.

Полное описание пакета (хотя и немного устаревшее) можно найти в этой журнале статье.

Другие пакеты

Пакеты seewave и tuneR предоставляют огромное разнообразие функций для акустического анализа и обработки. Они в основном работают с wave-объектами, уже импортированными в среду R. Пакет baRulho сфокусирован на количественной оценке деградации акустических сигналов, вызванной средой, с входными и выходными данными, схожими с warbleR. Пакет Rraven облегчает обмен данными между R и Raven sound analysis software (Cornell Lab of Ornithology) и может быть очень полезен для интеграции Raven как инструмента аннотирования в рабочий процесс акустического анализа в R. Пакет ohun работает с автоматическим обнаружением звуковых событий, предоставляя функции для диагностики и оптимизации процедур обнаружения. dynaSpec позволяет создавать динамические спектрограммы (т.е. видео спектрограмм).

Цитирование

Пожалуйста, цитируйте warbleR следующим образом:

Araya-Salas, M. и Smith-Vidaurre, G. (2017), warbleR: пакет r для упрощения анализа акустических сигналов животных. Methods Ecol Evol. 8, 184-191.

ПРИМЕЧАНИЕ: пожалуйста, также цитируйте пакеты tuneR и seewave, если вы используете любые функции для создания спектрограмм или измерения акустических характеристик

--- Tranlated By Open Ai Tx | Last indexed: 2025-11-15 ---