warbleR: Упрощенный биоакустический анализ ================

warbleR logo

warbleR предназначен для упрощения анализа структуры акустических сигналов животных в R. Пользователи могут собирать записи птиц с открытым доступом или вводить свои данные в рабочий процесс, который облегчает спектрографическую визуализацию и измерение акустических параметров. warbleR использует основные инструменты анализа звука пакета seewave и предлагает новые инструменты для анализа акустической структуры. Эти инструменты доступны для пакетного анализа акустических сигналов.

Основные возможности пакета:

Разнообразные инструменты для измерения акустической структуры
Использование циклов для применения задач к акустическим сигналам, указанным в

таблице выбора

Генерация изображений в рабочем каталоге со спектрограммами для

организации данных и проверки акустических анализов

Пакет предоставляет функции для:

Поиска и загрузки записей Xeno‐Canto
Поиска, организации и обработки множества звуковых файлов
Автоматического обнаружения сигналов (по частоте и времени) (но ознакомьтесь с R

пакетом ohun для более полного и удобного решения)

Создания спектрограмм полных записей или отдельных сигналов
Проведения различных измерений структуры акустических сигналов
Оценки эффективности методов измерения
Каталогизации сигналов
Характеризации различных структурных уровней акустических сигналов
Статистического анализа координации дуэтов
Консолидации баз данных и таблиц аннотаций

Большинство функций позволяют параллелизацию задач, что распределяет задачи между несколькими процессорами для повышения вычислительной

эффективности. Инструменты для оценки производительности анализа на каждом этапе также доступны.

Установка

Установите/загрузите пакет из CRAN следующим образом:

``r install.packages("warbleR")

`load package`


library(warbleR)

Чтобы установить последнюю версию для разработчиков с
github, вам понадобится пакет R
remotes:
 r
remotes::install_github("maRce10/warbleR")
load package
library(warbleR)

Использование

Пакет включает несколько виньеток, объясняющих его основные функции. В Введении в warbleR представлен обзор возможностей пакета. Виньетка Формат аннотированных данных дает подробное описание требуемого формата входных аннотаций. Также есть три дополнительных виньетки пакета с примерами того, как организовать функции в рабочем процессе акустического анализа.

Полное описание пакета (хотя и немного устаревшее) можно найти в этой журнале статье.

Другие пакеты

Пакеты seewave и tuneR предоставляют огромное разнообразие функций для акустического анализа и обработки. Они в основном работают с wave-объектами, уже импортированными в среду R. Пакет baRulho сфокусирован на количественной оценке деградации акустических сигналов, вызванной средой, с входными и выходными данными, схожими с warbleR. Пакет Rraven облегчает обмен данными между R и Raven sound analysis software (Cornell Lab of Ornithology) и может быть очень полезен для интеграции Raven как инструмента аннотирования в рабочий процесс акустического анализа в R. Пакет ohun работает с автоматическим обнаружением звуковых событий, предоставляя функции для диагностики и оптимизации процедур обнаружения. dynaSpec позволяет создавать динамические спектрограммы (т.е. видео спектрограмм).

Цитирование

Пожалуйста, цитируйте warbleR следующим образом:

Araya-Salas, M. и Smith-Vidaurre, G. (2017), warbleR: пакет r для упрощения анализа акустических сигналов животных. Methods Ecol Evol. 8, 184-191.

ПРИМЕЧАНИЕ: пожалуйста, также цитируйте пакеты tuneR и seewave, если вы используете любые функции для создания спектрограмм или измерения акустических характеристик

--- Tranlated By Open Ai Tx | Last indexed: 2026-06-13 ---