warbleR: Usprawnij analizę bioakustyczną ================

warbleR logo

warbleR ma na celu ułatwienie analizy struktury sygnałów akustycznych zwierząt w R. Użytkownicy mogą zbierać nagrania ptaków z otwartym dostępem lub wprowadzać własne dane do przepływu pracy, który ułatwia wizualizację spektrograficzną oraz pomiar parametrów akustycznych. warbleR wykorzystuje podstawowe narzędzia analizy dźwięku z pakietu seewave i oferuje nowe narzędzia do analizy struktury akustycznej. Narzędzia te są dostępne do wsadowej analizy sygnałów akustycznych.

Główne cechy pakietu to:

Różnorodne narzędzia do pomiaru struktury akustycznej
Wykorzystanie pętli do zastosowania zadań na sygnałach akustycznych odniesionych w

tabeli selekcji

Tworzenie obrazów w katalogu roboczym ze spektrogramami, aby

umożliwić użytkownikom organizację danych i weryfikację analiz akustycznych

Pakiet oferuje funkcje do:

Przeglądania i pobierania nagrań z Xeno‐Canto
Przeglądania, organizowania i manipulowania wieloma plikami dźwiękowymi
Automatycznego wykrywania sygnałów (w częstotliwości i czasie) (ale sprawdź pakiet R

ohun dla bardziej kompleksowej i przyjaznej implementacji)

Tworzenia spektrogramów całych nagrań lub pojedynczych sygnałów
Przeprowadzania różnych pomiarów struktury sygnału akustycznego
Oceny skuteczności metod pomiarowych
Katalogowania sygnałów
Charakteryzowania różnych poziomów strukturalnych sygnałów akustycznych
Analizy statystycznej koordynacji duetów
Konsolidacji baz danych i tabel adnotacji

Większość funkcji umożliwia równoleglenie zadań, co rozdziela zadania pomiędzy kilka procesorów w celu poprawy obliczeń wydajności. Dostępne są również narzędzia do oceny wydajności analizy na każdym etapie.

Instalacja

Zainstaluj/załaduj pakiet z CRAN w następujący sposób:

``r install.packages("warbleR")

`load package`


library(warbleR)
Aby zainstalować najnowszą wersję rozwojową z
github będziesz potrzebować pakietu R
remotes: r
remotes::install_github("maRce10/warbleR")
load package
library(warbleR)

Użytkowanie

Pakiet zawiera kilka winiet wyjaśniających jego główne funkcje. Wprowadzenie do warbleR daje przegląd funkcjonalności pakietu. Winieta Format danych adnotacyjnych zawiera szczegółowy opis wymaganego formatu dla danych wejściowych adnotacji. Istnieją także trzy dodatkowe winiety pakietu z przykładami jak organizować funkcje w przepływie pracy analizy akustycznej.

Pełny opis pakietu (choć nieco przestarzały) znajduje się w tym artykule naukowym.

Inne pakiety

Pakiety seewave oraz tuneR oferują ogromną różnorodność funkcji do analizy i manipulacji dźwiękiem. Działają głównie na obiektach falowych już zaimportowanych do środowiska R. Pakiet baRulho skupia się na ilościowym określaniu degradacji sygnałów akustycznych spowodowanej środowiskiem, przy wejściach i wyjściach podobnych do tych w warbleR. Pakiet Rraven ułatwia wymianę danych między R a oprogramowaniem do analizy dźwięku Raven software (Cornell Lab of Ornithology) i może być bardzo przydatny przy włączaniu Raven jako narzędzia adnotacyjnego do przepływu pracy analizy akustycznej w R. Pakiet ohun służy do automatycznego wykrywania zdarzeń dźwiękowych, oferując funkcje do diagnozowania i optymalizacji procedur wykrywania. dynaSpec umożliwia tworzenie dynamicznych spektrogramów (czyli wideo spektrogramów).

Cytowanie

Proszę cytować warbleR w następujący sposób:

Araya-Salas, M. i Smith-Vidaurre, G. (2017), warbleR: pakiet r do usprawnienia analizy sygnałów akustycznych zwierząt. Methods Ecol Evol. 8, 184-191.

UWAGA: proszę również cytować pakiety tuneR oraz seewave jeśli korzystasz z jakichkolwiek funkcji do tworzenia spektrogramów lub pomiarów akustycznych

--- Tranlated By Open Ai Tx | Last indexed: 2026-06-13 ---