🌐 Taal

warbleR: Versnel Bioakoestische Analyse ================

warbleR logo

warbleR is bedoeld om de analyse van de structuur van dierlijke akoestische signalen in R te vergemakkelijken. Gebruikers kunnen open-access vogelopnames verzamelen of hun eigen gegevens invoeren in een workflow die spectrografische visualisatie en meting van akoestische parameters mogelijk maakt. warbleR maakt gebruik van de fundamentele geluidsanalysetools van het seewave-pakket, en biedt nieuwe tools voor analyse van akoestische structuur. Deze tools zijn beschikbaar voor batchanalyse van akoestische signalen.

De belangrijkste kenmerken van het pakket zijn:

Diverse tools voor het meten van akoestische structuur
Het gebruik van loops om taken toe te passen op akoestische signalen die in

een selectietabel zijn gerefereerd

Het produceren van afbeeldingen in de werkdirectory met spectrogrammen om

gebruikers te helpen data te organiseren en akoestische analyses te verifiëren

Het pakket biedt functies om:

Xeno‐Canto opnames te verkennen en te downloaden
Meerdere geluidsbestanden te verkennen, organiseren en manipuleren
Signalen automatisch te detecteren (in frequentie en tijd) (maar bekijk het R

pakket ohun voor een meer grondige en gebruiksvriendelijke implementatie)

Spectrogrammen te maken van volledige opnames of individuele signalen
Voer verschillende maten van de structuur van het akoestisch signaal uit
Evalueer de prestaties van meetmethoden
Catalogiseer signalen
Karakteriseer verschillende structurele niveaus in akoestische signalen
Statistische analyse van duetcoördinatie
Consolideer databases en annotatietabellen

De meeste functies maken parallelisatie van taken mogelijk, wat de taken verdeelt over meerdere processoren om de computationele efficiëntie te verbeteren. Er zijn ook tools beschikbaar om de prestaties van de analyse bij elke stap te evalueren.

Installatie

Installeer/laad het pakket vanaf CRAN als volgt:

``r install.packages("warbleR")

`load package`


library(warbleR)

Om de nieuwste ontwikkelingsversie te installeren vanaf
github heeft u het R-pakket
remotes nodig:
 r
remotes::install_github("maRce10/warbleR")
load package
library(warbleR)

Gebruik

Het pakket bevat verschillende vignetten die de belangrijkste functies uitleggen. De Intro tot warbleR biedt een overzicht van de functionaliteiten van het pakket. De vignette Annotatie data formaat geeft een gedetailleerde beschrijving van het vereiste formaat voor invoer annotaties. Er zijn ook drie extra pakket vignetten met voorbeelden over hoe functies te organiseren in een workflow voor akoestische analyse.

Een volledige beschrijving van het pakket (hoewel enigszins verouderd) is te vinden in dit tijdschrift artikel.

Andere pakketten

De pakketten seewave en tuneR bieden een enorme verscheidenheid aan functies voor akoestische analyse en manipulatie. Ze werken meestal op wave-objecten die al zijn geïmporteerd in de R-omgeving. Het pakket baRulho richt zich op het kwantificeren van door habitat veroorzaakte degradatie van akoestische signalen met gegevensinvoer en -uitvoer vergelijkbaar met die van warbleR. Het pakket Rraven vergemakkelijkt de uitwisseling van gegevens tussen R en Raven geluidsanalyse software (Cornell Lab of Ornithology) en kan erg handig zijn om Raven als annotatie-instrument te integreren in een workflow voor akoestische analyse in R. Het pakket ohun werkt aan automatische detectie van geluidsevenementen en biedt functies om detectieroutines te diagnosticeren en te optimaliseren. dynaSpec maakt het mogelijk om dynamische spectrogrammen te maken (d.w.z. spectrogramvideo's).

Citaat

Gelieve warbleR als volgt te citeren:

Araya-Salas, M. en Smith-Vidaurre, G. (2017), warbleR: een r-pakket om de analyse van dierlijke akoestische signalen te stroomlijnen. Methods Ecol Evol. 8, 184-191.

OPMERKING: gelieve ook de tuneR en seewave pakketten te citeren indien u spectrogramma-creërende of akoestische-meetfuncties gebruikt

--- Tranlated By Open Ai Tx | Last indexed: 2025-11-15 ---