warbleR: Stroomlijn Bioacoustische Analyse ================

warbleR logo

warbleR is bedoeld om de analyse van de structuur van dierlijke akoestische signalen in R te vergemakkelijken. Gebruikers kunnen open-toegankelijke vogelopnames verzamelen of hun eigen gegevens invoeren in een workflow die spectrografische visualisatie en meting van akoestische parameters ondersteunt. warbleR maakt gebruik van de fundamentele geluidsanalysetools van het seewave-pakket, en biedt nieuwe hulpmiddelen voor de analyse van akoestische structuren. Deze tools zijn beschikbaar voor batchanalyse van akoestische signalen.

De belangrijkste kenmerken van het pakket zijn:

Diverse hulpmiddelen voor het meten van akoestische structuur
Het gebruik van loops om taken toe te passen op akoestische signalen die worden vermeld in

een selectietabel

Het produceren van afbeeldingen in de werkdirectory met spectrogrammen om

gebruikers te helpen data te organiseren en akoestische analyses te verifiëren

Het pakket biedt functies om:

Xeno‐Canto opnames te verkennen en te downloaden
Meerdere geluidsbestanden te verkennen, organiseren en manipuleren
Signaleren automatisch te detecteren (in frequentie en tijd) (maar bekijk het R-

pakket ohun voor een grondigere en gebruiksvriendelijkere implementatie)

Spectrogrammen te maken van volledige opnames of individuele signalen
Verschillende maten van de structuur van akoestische signalen uit te voeren
De prestaties van meetmethoden te evalueren
Signaleringen te catalogiseren
Verschillende structurele niveaus in akoestische signalen te karakteriseren
Statistische analyse van duetcoördinatie
Databases en annotatietabellen te consolideren

De meeste functies maken parallelisatie van taken mogelijk, waardoor de taken over meerdere processors worden verdeeld om de rekentijd te verbeteren efficiëntie. Hulpmiddelen om de prestaties van de analyse bij elke stap te evalueren zijn ook beschikbaar.

Installatie

Installeer/laad het pakket vanaf CRAN als volgt:

``r install.packages("warbleR")

`load package`


library(warbleR)

Om de nieuwste ontwikkelingsversie te installeren vanaf
github heeft u het R-pakket
remotes nodig:
 r
remotes::install_github("maRce10/warbleR")
load package
library(warbleR)

Gebruik

Het pakket bevat verschillende vignetten die de belangrijkste functies uitleggen. De Intro tot warbleR biedt een overzicht van de functionaliteiten van het pakket. De vignette Annotatie data formaat geeft een gedetailleerde beschrijving van het vereiste formaat voor invoer annotaties. Er zijn ook drie extra pakket vignetten met voorbeelden over hoe functies te organiseren in een workflow voor akoestische analyse.

Een volledige beschrijving van het pakket (hoewel enigszins verouderd) is te vinden in dit tijdschrift artikel.

Andere pakketten

De pakketten seewave en tuneR bieden een enorme verscheidenheid aan functies voor akoestische analyse en manipulatie. Ze werken meestal op wave-objecten die al zijn geïmporteerd in de R-omgeving. Het pakket baRulho richt zich op het kwantificeren van door habitat veroorzaakte degradatie van akoestische signalen met gegevensinvoer en -uitvoer vergelijkbaar met die van warbleR. Het pakket Rraven vergemakkelijkt de uitwisseling van gegevens tussen R en Raven geluidsanalyse software (Cornell Lab of Ornithology) en kan erg handig zijn om Raven als annotatie-instrument te integreren in een workflow voor akoestische analyse in R. Het pakket ohun werkt aan automatische detectie van geluidsevenementen en biedt functies om detectieroutines te diagnosticeren en te optimaliseren. dynaSpec maakt het mogelijk om dynamische spectrogrammen te maken (d.w.z. spectrogramvideo's).

Citaat

Gelieve warbleR als volgt te citeren:

Araya-Salas, M. en Smith-Vidaurre, G. (2017), warbleR: een r-pakket om de analyse van dierlijke akoestische signalen te stroomlijnen. Methods Ecol Evol. 8, 184-191.

OPMERKING: gelieve ook de tuneR en seewave pakketten te citeren indien u spectrogramma-creërende of akoestische-meetfuncties gebruikt

--- Tranlated By Open Ai Tx | Last indexed: 2026-06-13 ---