warbleR: バイオアコースティック解析の効率化 ================

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warbleRは、 Rにおける動物の音響信号構造の解析を容易にすることを目的としています。ユーザーはオープンアクセスの鳥類録音を収集したり、自分自身のデータをワークフローに入力して、スペクトログラムの視覚化や音響パラメータの測定を行うことができます。 warbleRは seewaveパッケージの基本的な音響解析ツールを利用し、音響構造解析のための新しいツールも提供します。これらのツールは音響信号のバッチ解析にも利用できます。

パッケージの主な特徴は以下の通りです:

音響構造を測定する多様なツール
ループを用いて選択テーブルで参照された音響信号にタスクを適用
ワーキングディレクトリにスペクトログラム画像を生成して

データの整理や音響解析の検証を可能にする

パッケージは以下の機能を提供します:

Xeno‐Canto録音の探索とダウンロード
複数の音声ファイルの探索、整理、操作
信号の自動検出（周波数・時間）（より詳細で使いやすい実装はRパッケージohunを確認）
完全な録音または個々の信号のスペクトログラム作成
音響信号構造の様々な測定の実行
測定手法の性能評価
信号のカタログ化
音響信号における様々な構造レベルの特徴付け
デュエット協調の統計解析
データベースと注釈テーブルの統合

ほとんどの関数はタスクの並列化を許可しており、複数のプロセッサ間でタスクを分散して計算効率を向上

効率。各ステップで分析のパフォーマンスを評価するためのツールも利用可能です。

インストール

CRANからパッケージをインストール／ロードするには、次のようにします：

``r install.packages("warbleR")

`load package`


library(warbleR)
最新の開発版を
githubからインストールするには、
Rパッケージの
remotesが必要です：
 r
remotes::install_github("maRce10/warbleR")
load package
library(warbleR)

使用方法

このパッケージには、その主な機能を説明するいくつかのビネットが含まれています。 warbleR入門では、パッケージの機能概要を提供しています。ビネットアノテーションデータ形式では、入力アノテーションに必要な形式について詳細に説明しています。また、音響解析ワークフローで関数を整理する方法の例を示した、3つの追加パッケージビネットもあります。

パッケージの完全な説明（やや古いですが）は、このジャーナル記事で見つけることができます。

他のパッケージ

seewave および tuneR パッケージは、音響解析と操作のための豊富な関数を提供しています。これらは主に、すでにR環境にインポートされたウェーブオブジェクトで動作します。 baRulho パッケージは、音響信号の生息地による劣化を定量化することに焦点を当てており、データの入力と出力は warbleR に類似しています。パッケージ Rraven は、RとRaven音響解析ソフトウェア（コーネル大学鳥類学研究所）とのデータ交換を容易にし、RでRavenをアノテーションツールとして音響解析ワークフローに組み込む際に非常に役立ちます。パッケージ ohun は、音イベントの自動検出に対応し、検出ルーチンを診断・最適化する関数を提供します。dynaSpec は、動的スペクトログラム（すなわちスペクトログラム動画）の作成を可能にします。

引用

warbleRを以下のように引用してください:

Araya-Salas, M. および Smith-Vidaurre, G. (2017), warbleR: 動物の音響信号解析を効率化するRパッケージ。Methods Ecol Evol. 8, 184-191。

注意: スペクトログラムの作成や音響測定機能を使用する場合は、 tuneRおよび seewaveパッケージも併せて引用してください

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