warbleR: Analisi Bioacustica Semplificata ================

warbleR logo

warbleR è pensato per facilitare l'analisi della struttura dei segnali acustici animali in R. Gli utenti possono raccogliere registrazioni di uccelli ad accesso libero o inserire i propri dati in un flusso di lavoro che facilita la visualizzazione spettrografica e la misurazione dei parametri acustici. warbleR sfrutta i fondamentali strumenti di analisi sonora del pacchetto seewave e offre nuovi strumenti per l'analisi della struttura acustica. Questi strumenti sono disponibili per l'analisi batch dei segnali acustici.

Le principali caratteristiche del pacchetto sono:

Strumenti diversificati per misurare la struttura acustica
L'uso di cicli per applicare compiti ai segnali acustici referenziati in

una tabella di selezione

La produzione di immagini nella directory di lavoro con spettrogrammi per

permettere agli utenti di organizzare i dati e verificare le analisi acustiche

Il pacchetto offre funzioni per:

Esplorare e scaricare registrazioni da Xeno‐Canto
Esplorare, organizzare e manipolare più file audio
Rilevare segnali automaticamente (in frequenza e tempo) (ma controllare il pacchetto R

ohun per un'implementazione più completa e intuitiva)

Creare spettrogrammi di registrazioni complete o singoli segnali
Eseguire diverse misure della struttura dei segnali acustici
Valutare la performance dei metodi di misurazione
Catalogare i segnali
Caratterizzare diversi livelli strutturali nei segnali acustici
Analisi statistica della coordinazione nei duetti
Consolidare database e tabelle di annotazione

La maggior parte delle funzioni consente la parallelizzazione dei compiti, il che distribuisce i compiti tra diversi processori per migliorare le prestazioni computazionali efficienza. Sono disponibili anche strumenti per valutare le prestazioni dell'analisi ad ogni fase.

Installazione

Installa/carica il pacchetto da CRAN come segue:

``r install.packages("warbleR")

`load package`


library(warbleR)

Per installare l'ultima versione di sviluppo da
github sarà necessario il pacchetto R
remotes:
 r
remotes::install_github("maRce10/warbleR")
load package
library(warbleR)

Utilizzo

Il pacchetto include diverse vignette che spiegano le sue principali funzionalità. La Introduzione a warbleR fornisce una panoramica delle funzionalità del pacchetto. La vignetta Formato dei dati di annotazione offre una descrizione dettagliata del formato richiesto per le annotazioni di input. Sono inoltre presenti altre tre vignette del pacchetto con esempi su come organizzare le funzioni in un flusso di lavoro di analisi acustica.

Una descrizione completa del pacchetto (sebbene un po' datata) si può trovare in questo articolo scientifico.

Altri pacchetti

I pacchetti seewave e tuneR offrono una grande varietà di funzioni per l’analisi e la manipolazione acustica. Lavorano principalmente su oggetti wave già importati nell’ambiente R. Il pacchetto baRulho si concentra sulla quantificazione del degrado indotto dall’habitat dei segnali acustici con dati di input e output simili a quelli di warbleR. Il pacchetto Rraven facilita lo scambio di dati tra R e il software di analisi sonora Raven (Cornell Lab of Ornithology) e può essere molto utile per incorporare Raven come strumento di annotazione nel flusso di lavoro di analisi acustica in R. Il pacchetto ohun lavora sull’individuazione automatizzata di eventi sonori, fornendo funzioni per diagnosticare e ottimizzare le routine di rilevamento. dynaSpec consente di creare spettrogrammi dinamici (cioè video di spettrogrammi).

Citazione

Si prega di citare warbleR come segue:

Araya-Salas, M. e Smith-Vidaurre, G. (2017), *warbleR: un pacchetto r per semplificare l’analisi dei segnali acustici animali*. Methods Ecol Evol. 8, 184-191.

NOTA: si prega di citare anche i pacchetti tuneR e seewave se si utilizzano funzioni per la creazione di spettrogrammi o la misurazione acustica

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