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warbleR: Semplifica l'Analisi Bioacustica ================

warbleR logo

warbleR è pensato per facilitare l'analisi della struttura dei segnali acustici animali in R. Gli utenti possono raccogliere registrazioni aviarie open-access o inserire i propri dati in un flusso di lavoro che facilita la visualizzazione spettrografica e la misurazione dei parametri acustici. warbleR utilizza i fondamentali strumenti di analisi del suono del pacchetto seewave, e offre nuovi strumenti per l’analisi della struttura acustica. Questi strumenti sono disponibili per analisi in batch dei segnali acustici.

Le principali caratteristiche del pacchetto sono:

Strumenti diversificati per misurare la struttura acustica
L’uso di cicli per applicare attività su segnali acustici referenziati in

una tabella di selezione

La produzione di immagini nella directory di lavoro con spettrogrammi per

permettere agli utenti di organizzare i dati e verificare le analisi acustiche

Il pacchetto offre funzioni per:

Esplorare e scaricare registrazioni da Xeno‐Canto
Esplorare, organizzare e manipolare più file audio
Rilevare automaticamente i segnali (in frequenza e tempo) (ma controlla il pacchetto R

ohun per un’implementazione più approfondita e intuitiva)

Creare spettrogrammi di registrazioni complete o di segnali individuali
Esegui diverse misure della struttura del segnale acustico
Valuta le prestazioni dei metodi di misurazione
Cataloga i segnali
Caratterizza diversi livelli strutturali nei segnali acustici
Analisi statistica del coordinamento dei duetti
Consolida database e tabelle di annotazione

La maggior parte delle funzioni permette la parallelizzazione dei compiti, il che distribuisce i compiti tra diversi processori per migliorare l'efficienza computazionale. Sono disponibili anche strumenti per valutare le prestazioni dell’analisi in ogni fase.

Installazione

Installa/carica il pacchetto da CRAN come segue:

``r install.packages("warbleR")

`load package`


library(warbleR)

Per installare l'ultima versione di sviluppo da
github sarà necessario il pacchetto R
remotes:
 r
remotes::install_github("maRce10/warbleR")
load package
library(warbleR)

Utilizzo

Il pacchetto include diverse vignette che spiegano le sue principali funzionalità. La Introduzione a warbleR fornisce una panoramica delle funzionalità del pacchetto. La vignetta Formato dei dati di annotazione offre una descrizione dettagliata del formato richiesto per le annotazioni di input. Sono inoltre presenti altre tre vignette del pacchetto con esempi su come organizzare le funzioni in un flusso di lavoro di analisi acustica.

Una descrizione completa del pacchetto (sebbene un po' datata) si può trovare in questo articolo scientifico.

Altri pacchetti

I pacchetti seewave e tuneR offrono una grande varietà di funzioni per l’analisi e la manipolazione acustica. Lavorano principalmente su oggetti wave già importati nell’ambiente R. Il pacchetto baRulho si concentra sulla quantificazione del degrado indotto dall’habitat dei segnali acustici con dati di input e output simili a quelli di warbleR. Il pacchetto Rraven facilita lo scambio di dati tra R e il software di analisi sonora Raven (Cornell Lab of Ornithology) e può essere molto utile per incorporare Raven come strumento di annotazione nel flusso di lavoro di analisi acustica in R. Il pacchetto ohun lavora sull’individuazione automatizzata di eventi sonori, fornendo funzioni per diagnosticare e ottimizzare le routine di rilevamento. dynaSpec consente di creare spettrogrammi dinamici (cioè video di spettrogrammi).

Citazione

Si prega di citare warbleR come segue:

Araya-Salas, M. e Smith-Vidaurre, G. (2017), *warbleR: un pacchetto r per semplificare l’analisi dei segnali acustici animali*. Methods Ecol Evol. 8, 184-191.

NOTA: si prega di citare anche i pacchetti tuneR e seewave se si utilizzano funzioni per la creazione di spettrogrammi o la misurazione acustica

--- Tranlated By Open Ai Tx | Last indexed: 2025-11-15 ---