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warbleR: Vereinfachung der bioakustischen Analyse ================

warbleR Logo

warbleR soll die Analyse der Struktur tierischer akustischer Signale in R erleichtern. Benutzer können frei zugängliche Vogelaufnahmen sammeln oder eigene Daten in einen Workflow eingeben, der die spektrographische Visualisierung und die Messung akustischer Parameter unterstützt. warbleR verwendet die grundlegenden Werkzeuge zur Klanganalyse aus dem seewave-Paket und bietet neue Werkzeuge zur Analyse akustischer Strukturen. Diese Werkzeuge sind für die Stapelverarbeitung akustischer Signale verfügbar.

Die Hauptfunktionen des Pakets sind:

Verschiedene Werkzeuge zur Messung akustischer Strukturen
Die Verwendung von Schleifen zur Anwendung von Aufgaben auf akustische Signale, die in

einer Auswahltabelle referenziert werden

Die Erstellung von Bildern im Arbeitsverzeichnis mit Spektrogrammen, um

Benutzern die Organisation von Daten und die Überprüfung akustischer Analysen zu ermöglichen

Das Paket bietet Funktionen zum:

Erkunden und Herunterladen von Xeno‐Canto Aufnahmen
Erkunden, Organisieren und Bearbeiten mehrerer Audiodateien
Automatisches Erkennen von Signalen (in Frequenz und Zeit) (aber prüfen Sie das R

Paket ohun für eine gründlichere und benutzerfreundlichere Implementierung)

Erstellen von Spektrogrammen kompletter Aufnahmen oder einzelner Signale

Führen Sie verschiedene Messungen der akustischen Signalstruktur durch
Bewerten Sie die Leistung der Messmethoden
Katalogisieren Sie Signale
Charakterisieren Sie verschiedene Strukturebenen in akustischen Signalen
Statistische Analyse der Duett-Koordination
Konsolidieren Sie Datenbanken und Annotations-Tabellen

Die meisten Funktionen ermöglichen die Parallelisierung von Aufgaben, wodurch die Aufgaben auf mehrere Prozessoren verteilt werden, um die Recheneffizienz zu verbessern. Werkzeuge zur Bewertung der Analyseleistung in jedem Schritt sind ebenfalls verfügbar.

Installation

Installieren/Laden Sie das Paket aus CRAN wie folgt:

``r install.packages("warbleR")

`load package`


library(warbleR)
Um die neueste Entwicklungsversion von
github zu installieren, benötigen Sie das R-Paket
remotes: r
remotes::install_github("maRce10/warbleR")
load package
library(warbleR)

Verwendung

Das Paket enthält mehrere Vignetten, die seine Hauptfunktionen erklären. Die Einführung in warbleR bietet einen Überblick über die Funktionen des Pakets. Die Vignette Annotierungsdaten- format liefert eine detaillierte Beschreibung des erforderlichen Formats für die Eingabe- Annotierungen. Es gibt außerdem drei weitere Paket- Vignetten mit Beispielen dazu, wie man Funktionen in einem Workflow zur akustischen Analyse organisiert.

Eine vollständige Beschreibung des Pakets (wenn auch etwas veraltet) findet sich in diesem Journal- Artikel.

Weitere Pakete

Die Pakete seewave und tuneR bieten eine große Auswahl an Funktionen zur akustischen Analyse und Bearbeitung. Sie arbeiten meist mit Wave-Objekten, die bereits in die R-Umgebung importiert wurden. Das Paket baRulho konzentriert sich auf die Quantifizierung von habitatbedingter Degradierung akustischer Signale mit Daten- Eingaben und -Ausgaben, die denen von warbleR ähneln. Das Paket Rraven erleichtert den Datenaustausch zwischen R und der Raven Sound Analysis Software (Cornell Lab of Ornithology) und kann sehr hilfreich sein, um Raven als Annotierungswerkzeug in den Workflow zur akustischen Analyse in R zu integrieren. Das Paket ohun arbeitet mit der automatisierten Erkennung von Schallereignissen und bietet Funktionen zur Diagnose und Optimierung von Erkennungsroutinen. dynaSpec erlaubt die Erstellung dynamischer Spektrogramme (d.h. Spektrogramm-Videos).

Zitation

Bitte zitieren Sie warbleR wie folgt:

Araya-Salas, M. und Smith-Vidaurre, G. (2017), *warbleR: ein R-Paket zur Vereinfachung der Analyse von tierischen akustischen Signalen*. Methods Ecol Evol. 8, 184-191.

HINWEIS: Bitte zitieren Sie ebenfalls die tuneR- und seewave-Pakete, falls Sie Funktionen zur Erstellung von Spektrogrammen oder zur akustischen Messung verwenden

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