蛋白质视图

在终端中探索分子结构

以FullHD模式渲染的含组蛋白和DNA的核小体核心颗粒

_{核小体核心颗粒 — 组蛋白八聚体包裹DNA，采用Kitty图形协议渲染}

终端分子结构查看器 — 直接在终端加载、旋转和探索蛋白质、核酸及小分子，支持PDB/CIF文件。无需浏览器、无需图形界面、无依赖。

功能特点

三级渲染模式 — 点字模式、高清模式和全高清模式（Sixel/Kitty），自动检测SSH环境
PNG压缩的Kitty协议 — 比原始RGBA小约10-20倍，使全高清模式在SSH下可用
卡通带状可视化 — 采用朗伯阴影和深度雾效表现螺旋、折叠片和卷曲结构
RNA/DNA支持 — 骨架、线框和卡通模式，配以碱基类型着色
小分子渲染 — 配体以球棒模型显示，离子以球体显示
界面分析 — 链间接触、结合口袋及相互作用可视化（氢键、盐桥、疏水接触）
7种配色方案 — 结构、链、元素（CPK）、B因子、彩虹、pLDDT（AlphaFold）
交互式控制 — 类vim风格旋转、缩放、平移及自动旋转
支持PDB与mmCIF格式 — 支持两种格式，支持RCSB PDB文件下载（--fetch）
单文件静态二进制 — 零运行时依赖

渲染模式

三种渲染等级以匹配您的终端和连接：

盲文 vs 高清 vs 全高清渲染对比

_{左：盲文（适用于所有环境，包括 SSH/tmux）· 中：高清（Lambert 阴影盲文）· 右：全高清（Kitty 像素图形）}

| 模式 | 快捷键 | 质量 | SSH 性能 | |------|-------|-------|----------| | 盲文 | 默认 | 基于文本，单色每格 | 优秀 | | 高清 | m | 带光照和深度雾的阴影盲文 | 优秀 | | 全高清 | M | Sixel/Kitty 像素图形 | 良好（PNG 压缩） |

--hd 支持 SSH：SSH 下默认使用高清，本地使用全高清。使用 --fullhd 强制像素图形。

可视化模式

卡通、线框和骨架可视化模式

_{左：卡通（丝带）· 中：线框（全原子）· 右：骨架（CA 轨迹）}

| 模式 | 描述 | |------|-------| | 卡通 | 平滑丝带渲染——螺旋、β-折叠和卷曲，带 Lambert 阴影。默认。 | | 线框 | 包含残基间肽键和磷酸二酯键的全原子键。 | | 骨架 | CA 轨迹（蛋白质）/ C4' 轨迹（核酸），带球体和粗连接线。 |

界面分析与交互

界面分析与相互作用可视化

_{左：界面残基着色及侧边栏面板 · 右：虚线相互作用线（氢键、盐桥、疏水接触）}

按 f 切换界面模式 — 高亮显示链间接触残基并显示详细侧边栏。按 I 叠加相互作用线：

| 颜色 | 相互作用 | 距离 | |-------|-------------|----------| | 青色 | 氢键 | ≤ 3.5 Å | | 红色 | 盐桥 | ≤ 4.0 Å | | 黄色 | 疏水接触 | ≤ 4.5 Å | | 灰色 | 其他 | ≤ 4.5 Å |

核酸

带元素（CPK）着色的B-DNA双螺旋

_{线框模式下带CPK元素着色的B-DNA十二聚体}

完全支持DNA和RNA结构 — 骨架轨迹、线框键及带核苷酸碱基类型着色的卡通带（A=红色，U/T=蓝色，G=绿色，C=黄色）。

AlphaFold 与 pLDDT

带pLDDT置信度着色的AlphaFold预测

_{带pLDDT置信度着色的AlphaFold预测 — 蓝色（高置信度）至橙色/黄色（低置信度）}

自动检测AlphaFold结构并提供pLDDT置信度着色。使用 c 循环切换配色方案。

安装

需要 Rust 1.85+。如果你还没有安装 Rust，请使用以下命令安装：

curl --proto '=https' --tlsv1.2 -sSf https://sh.rustup.rs | sh

然后安装proteinview：

git clone https://github.com/001TMF/ProteinView.git
cd ProteinView
Basic install
cargo install --path .
With RCSB PDB fetch support
cargo install --path . --features fetch
Update an existing installation
cargo install --path . --force

快速开始

# View a local PDB file
proteinview examples/1AOI.pdb
HD mode (fast text-based shading)
proteinview examples/4HHB.pdb --hd
FullHD pixel mode (Kitty/Sixel terminals)
proteinview examples/4HHB.pdb --fullhd
Fetch from RCSB PDB
proteinview --fetch 1UBQ
Choose color scheme and visualization
proteinview examples/1UBQ.pdb --color rainbow --mode wireframe

快捷键

| 键 | 操作 | |-----|--------| | h/l | 绕Y轴旋转 | | j/k | 绕X轴旋转 | | u/i | 翻滚 | | +/- | 缩放 | | w/a/s/d | 平移 | | r | 重置视图 | | c | 循环颜色方案 | | v | 循环可视化模式 | | m | 盲文 / 高清 | | M | 高清 / 全高清 | | f | 界面分析 | | I | 界面交互 | | g | 切换配体显示 | | [/] | 上一个/下一个链 | | Space | 自动旋转 | | ? | 帮助 | | q | 退出 |

颜色方案

| 方案 | 描述 | |--------|-------------| | 结构 | 螺旋（红色）、片层（黄色）、线圈（绿色）。默认。 | | 链 | 每条链不同颜色。 | | 元素 | CPK 着色（C、N、O、S、P、金属）。 | | B因子 | 蓝色（刚性）到红色（柔性）。 | | 彩虹 | N 端（蓝色）到 C 端（红色）。 | | pLDDT | AlphaFold 置信度（蓝色=高，橙色=低）。 |

终端支持

| 终端 | 盲文 | 高清 | 全高清 | |----------|---------|-----|--------| | 任意 Unicode 终端 | 是 | 是 | -- | | Kitty | 是 | 是 | 是（PNG） |

| WezTerm | 是 | 是 | 是（Sixel） | | iTerm2 | 是 | 是 | 是 | | foot | 是 | 是 | 是（Sixel） | | tmux/screen | 是 | 是 | -- |

构建

cargo build --release
With RCSB fetch support
cargo build --release --features fetch

贡献

欢迎贡献！以下是入门指南：

Fork 本仓库
创建功能分支（git checkout -b feature/my-feature）
进行修改并添加测试
运行 cargo test 进行验证
提交针对 develop 分支的拉取请求

重大变更请先打开 issue 讨论方案。

许可证

MIT

--- Tranlated By Open Ai Tx | Last indexed: 2026-07-17 ---