프로틴뷰 (P R O T E I N V I E W)

터미널에서 분자 구조 탐색하기

_{뉴클레오솜 코어 입자 — 히스톤 옥타머가 DNA에 감싸여 있으며 Kitty 그래픽 프로토콜로 렌더링됨}

터미널 분자 구조 뷰어 — PDB/CIF 파일에서 단백질, 핵산, 소분자를 불러와 회전시키고 탐색하세요. 브라우저, GUI, 의존성 없이 사용 가능합니다.

기능

• 3단계 렌더 모드 — 브레일, HD, FullHD (Sixel/Kitty) 및 자동 SSH 감지 지원
• PNG 압축된 Kitty 프로토콜 — 원시 RGBA 대비 약 10-20배 작아 SSH 환경에서 FullHD 사용 가능
• 카툰 리본 시각화 — 헬릭스, 시트, 코일에 깊이 안개가 적용된 램버트 음영 리본
• RNA/DNA 지원 — 골격, 와이어프레임, 카툰 모드 및 염기 유형별 색상 표시
• 소분자 렌더링 — 리간드는 볼 앤 스틱, 이온은 구체로 표시
• 인터페이스 분석 — 사슬 간 접촉, 결합 주머니, 상호작용 시각화 (수소 결합, 염다리, 소수성 접촉)
• 7가지 색상 체계 — 구조, 사슬, 원소(CPK), B-팩터, 무지개, pLDDT (AlphaFold)
• 대화형 제어 — vim 스타일 회전, 확대, 이동 및 자동 회전 지원
• PDB & mmCIF 지원 — 두 포맷 모두 지원하며 RCSB PDB 가져오기(--fetch) 가능
• 단일 정적 바이너리 — 런타임 의존성 전혀 없음

렌더링 모드

터미널과 연결 상태에 맞는 세 가지 렌더링 단계:

_{왼쪽: 브레일 (SSH/tmux 포함 어디서나 작동) · 가운데: HD (램버트 음영 브레일) · 오른쪽: FullHD (Kitty 픽셀 그래픽)}

| 모드 | 키 | 품질 | SSH 성능 | |------|-----|---------|-----------------| | 브레일 | 기본값 | 셀별 단색 텍스트 기반 | 우수 | | HD | m | 조명 및 깊이 안개가 적용된 음영 브레일 | 우수 | | FullHD | M | Sixel/Kitty 픽셀 그래픽 | 좋음 (PNG 압축) |

--hd는 SSH 인식: SSH 시 HD가 기본, 로컬에서는 FullHD가 기본입니다. 픽셀 그래픽을 강제하려면 --fullhd를 사용하세요.

시각화 모드

_{왼쪽: 카툰 (리본) · 가운데: 와이어프레임 (전 원자) · 오른쪽: 백본 (CA 추적)}

| 모드 | 설명 | |------|-------------| | 카툰 | 매끄러운 리본 렌더링 — 헬릭스, 베타 시트, 코일을 램버트 음영과 함께 표현. 기본값. | | 와이어프레임 | 잔기질 펩타이드 및 인산다이에스터 결합을 포함한 전 원자 결합. | | 백본 | CA 추적(단백질) / C4' 추적(핵산)으로 구와 두꺼운 연결선 포함. |

인터페이스 분석 및 상호작용

_{왼쪽: 사이드바 패널이 있는 인터페이스 잔기 색상 표시 · 오른쪽: 점선 상호작용 선 (수소 결합, 염교, 소수성 접촉)}

f 키를 눌러 인터페이스 모드를 전환하세요 — 체인 경계를 넘는 접촉 잔기를 강조하며 상세한 사이드바를 표시합니다. I 키를 눌러 상호작용 선을 오버레이하세요:

| 색상 | 상호작용 | 거리 | |-------|-------------|----------| | 청록색 | 수소 결합 | ≤ 3.5 Å | | 빨간색 | 염교 | ≤ 4.0 Å | | 노란색 | 소수성 접촉 | ≤ 4.5 Å | | 회색 | 기타 | ≤ 4.5 Å |

핵산

_{CPK 원소 색상으로 표현된 와이어프레임 모드의 B-DNA 도데카머}

DNA 및 RNA 구조를 완벽 지원 — 골격 추적, 와이어프레임 결합, 뉴클레오타이드 염기 유형 색상(A=빨강, U/T=파랑, G=초록, C=노랑)의 만화 리본.

AlphaFold 및 pLDDT

_{pLDDT 신뢰도 색상으로 표시된 AlphaFold 예측 — 파랑(높은 신뢰도)에서 주황/노랑(낮은 신뢰도)까지}

AlphaFold 구조를 자동 감지하고 pLDDT 신뢰도 색상을 제공합니다. c 키로 색상 체계를 순환하세요.

설치

러스트 1.85+가 필요합니다. 러스트가 없다면 다음 명령어로 설치하세요:

curl --proto '=https' --tlsv1.2 -sSf https://sh.rustup.rs | sh

그런 다음 proteinview를 설치합니다:

git clone https://github.com/001TMF/ProteinView.git
cd ProteinView
Basic install
cargo install --path .
With RCSB PDB fetch support
cargo install --path . --features fetch
Update an existing installation
cargo install --path . --force

빠른 시작

# View a local PDB file
proteinview examples/1AOI.pdb
HD mode (fast text-based shading)
proteinview examples/4HHB.pdb --hd
FullHD pixel mode (Kitty/Sixel terminals)
proteinview examples/4HHB.pdb --fullhd
Fetch from RCSB PDB
proteinview --fetch 1UBQ
Choose color scheme and visualization
proteinview examples/1UBQ.pdb --color rainbow --mode wireframe

단축키

| 키 | 동작 | |-----|--------| | h/l | Y 축 회전 | | j/k | X 축 회전 | | u/i | 롤링 | | +/- | 줌 | | w/a/s/d | 팬 이동 | | r | 뷰 초기화 | | c | 색상 스킴 변경 | | v | 시각화 모드 변경 | | m | 브라유 / HD | | M | HD / FullHD | | f | 인터페이스 분석 | | I | 인터페이스 상호작용 | | g | 리간드 토글 | | [/] | 이전/다음 체인 | | Space | 자동 회전 | | ? | 도움말 | | q | 종료 |

색상 스킴

| 스킴 | 설명 | |--------|-------------| | 구조 | 헬릭스(빨강), 시트(노랑), 코일(초록). 기본값. | | 체인 | 체인별 구분 색상. | | 원소 | CPK 색상법 (C, N, O, S, P, 금속). | | B-인자 | 파랑(단단함)에서 빨강(유연함). | | 무지개 | N-말단(파랑)에서 C-말단(빨강). | | pLDDT | AlphaFold 신뢰도 (파랑=높음, 주황=낮음). |

터미널 지원

| 터미널 | 브라유 | HD | FullHD | |----------|---------|-----|--------| | 모든 유니코드 터미널 | 가능 | 가능 | -- | | Kitty | 가능 | 가능 | 가능 (PNG) |

| WezTerm | 예 | 예 | 예 (Sixel) | | iTerm2 | 예 | 예 | 예 | | foot | 예 | 예 | 예 (Sixel) | | tmux/screen | 예 | 예 | -- |

빌드하기

cargo build --release
With RCSB fetch support
cargo build --release --features fetch

기여하기

기여를 환영합니다! 시작하는 방법은 다음과 같습니다:

• 저장소를 포크하세요
• 기능 브랜치 생성 (git checkout -b feature/my-feature)
• 변경 사항을 만들고 테스트를 추가하세요
• cargo test를 실행하여 검증하세요
• develop 브랜치에 대해 풀 리퀘스트를 열어주세요

라이선스

MIT

--- Tranlated By Open Ai Tx | Last indexed: 2026-07-17 ---