P R O T E I N V I E W

Explorez les structures moléculaires dans votre terminal

Particule de base du nucléosome avec protéines histones et ADN rendu en mode FullHD

_{Particule de base du nucléosome — octamère d’histones enroulé dans l’ADN, rendu avec le protocole graphique Kitty}

Visionneuse de structures moléculaires en terminal — chargez, faites pivoter et explorez protéines, acides nucléiques et petites molécules depuis des fichiers PDB/CIF directement dans votre terminal. Pas de navigateur, pas d’interface graphique, pas de dépendances.

Fonctionnalités

3 modes de rendu — Braille, HD et FullHD (Sixel/Kitty) avec détection automatique SSH
Protocole Kitty compressé PNG — ~10-20x plus petit que RGBA brut, rendant FullHD viable en SSH
Visualisation en rubans cartoon — rubans ombrés Lambert avec brouillard de profondeur pour hélices, feuillets et boucles
Support ARN/ADN — modes squelette, filaire et cartoon avec coloration selon type de base
Rendu des petites molécules — ligands en bâtonnets-boules, ions en sphères
Analyse d’interface — contacts inter-chaînes, poches de liaison, visualisation des interactions (liaisons H, ponts salins, contacts hydrophobes)
7 schémas de couleurs — structure, chaîne, élément (CPK), facteur B, arc-en-ciel, pLDDT (AlphaFold)
Contrôles interactifs — rotation, zoom, panoramique style vim avec auto-rotation
PDB & mmCIF — support des deux formats, avec récupération RCSB PDB (--fetch)
Binaire statique unique — zéro dépendance à l’exécution

Modes de rendu

Trois niveaux de rendu adaptés à votre terminal et connexion :

Comparaison de rendu Braille vs HD vs FullHD

_{Gauche : Braille (fonctionne partout, y compris SSH/tmux) · Milieu : HD (braille ombré Lambert) · Droite : FullHD (graphismes pixel Kitty)}

| Mode | Touche | Qualité | Performance SSH | |------|--------|---------|-----------------| | Braille | par défaut | Basé sur du texte, monochrome par cellule | Excellente | | HD | m | Braille ombré avec éclairage + brouillard de profondeur | Excellente | | FullHD | M | Graphismes pixel Sixel/Kitty | Bonne (compression PNG) |

--hd détecte SSH : HD par défaut en SSH, FullHD localement. Utilisez --fullhd pour forcer les graphismes pixel.

Modes de visualisation

Modes de visualisation Cartoon, Wireframe et Backbone

_{Gauche : Cartoon (ruban) · Milieu : Wireframe (tout-atome) · Droite : Backbone (trace CA)}

| Mode | Description | |------|-------------| | Cartoon | Rendu ruban lisse — hélices, feuillets bêta, et boucles avec ombrage Lambert. Par défaut. | | Wireframe | Liaisons tout-atome incluant peptides inter-résidus et liaisons phosphodiester. | | Backbone | Trace CA (protéines) / trace C4' (acides nucléiques) avec sphères et lignes épaisses de liaison. |

Analyse d’interface & Interactions

Analyse d'interface avec visualisation des interactions

_{Gauche : Coloration des résidus d'interface avec panneau latéral · Droite : Lignes d'interaction en pointillés (liaisons H, ponts salins, contacts hydrophobes)}

Appuyez sur f pour basculer en mode interface — met en évidence les résidus de contact à travers les limites des chaînes avec un panneau latéral détaillé. Appuyez sur I pour superposer les lignes d'interaction :

| Couleur | Interaction | Distance | |---------|-------------|----------| | Cyan | Liaison hydrogène | ≤ 3.5 Å | | Rouge | Pont salin | ≤ 4.0 Å | | Jaune | Contact hydrophobe | ≤ 4.5 Å | | Gris | Autre | ≤ 4.5 Å |

Acides nucléiques

Double hélice B-ADN avec coloration par élément (CPK)

_{Dodécamère B-ADN en mode fil de fer avec coloration par élément CPK}

Support complet pour les structures ADN et ARN — tracés de la chaîne principale, liaisons en fil de fer et rubans cartoon avec coloration par type de base nucléotidique (A=rouge, U/T=bleu, G=vert, C=jaune).

AlphaFold & pLDDT

Prédiction AlphaFold avec coloration de confiance pLDDT

_{Prédiction AlphaFold avec coloration de confiance pLDDT — bleu (haute confiance) à orange/jaune (faible confiance)}

Détecte automatiquement les structures AlphaFold et propose une coloration de confiance pLDDT. Parcourez les schémas de couleurs avec c.

Installation

Nécessite Rust 1.85+. Si vous n'avez pas Rust, installez-le avec :

curl --proto '=https' --tlsv1.2 -sSf https://sh.rustup.rs | sh

Ensuite, installez proteinview :

git clone https://github.com/001TMF/ProteinView.git
cd ProteinView
Basic install
cargo install --path .
With RCSB PDB fetch support
cargo install --path . --features fetch
Update an existing installation
cargo install --path . --force

Démarrage rapide

# View a local PDB file
proteinview examples/1AOI.pdb
HD mode (fast text-based shading)
proteinview examples/4HHB.pdb --hd
FullHD pixel mode (Kitty/Sixel terminals)
proteinview examples/4HHB.pdb --fullhd
Fetch from RCSB PDB
proteinview --fetch 1UBQ
Choose color scheme and visualization
proteinview examples/1UBQ.pdb --color rainbow --mode wireframe

Raccourcis Clavier

| Touche | Action | |-----|--------| | h/l | Rotation Y | | j/k | Rotation X | | u/i | Roulement | | +/- | Zoom | | w/a/s/d | Panoramique | | r | Réinitialiser la vue | | c | Changer de palette de couleurs | | v | Changer de mode de visualisation | | m | Braille / HD | | M | HD / FullHD | | f | Analyse de l’interface | | I | Interactions de l’interface | | g | Basculer les ligands | | [/] | Chaîne précédente/suivante | | Espace | Rotation automatique | | ? | Aide | | q | Quitter |

Palettes de Couleurs

| Palette | Description | |--------|-------------| | Structure | Hélice (rouge), feuillet (jaune), boucle (vert). Par défaut. | | Chaîne | Couleur distincte par chaîne. | | Élément | Coloration CPK (C, N, O, S, P, métaux). | | Facteur B | Bleu (rigide) à rouge (flexible). | | Arc-en-ciel | N-terminus (bleu) à C-terminus (rouge). | | pLDDT | Confiance AlphaFold (bleu=élevée, orange=faible). |

Support Terminal

| Terminal | Braille | HD | FullHD | |----------|---------|-----|--------| | Tout terminal Unicode | Oui | Oui | -- | | Kitty | Oui | Oui | Oui (PNG) | | WezTerm | Oui | Oui | Oui (Sixel) | | iTerm2 | Oui | Oui | Oui | | foot | Oui | Oui | Oui (Sixel) | | tmux/screen | Oui | Oui | -- |

Construction

cargo build --release
With RCSB fetch support
cargo build --release --features fetch

Contribution

Les contributions sont les bienvenues ! Voici comment commencer :

Forkez le dépôt
Créez une branche de fonctionnalité (git checkout -b feature/ma-fonctionnalité)
Faites vos modifications et ajoutez des tests
Lancez cargo test pour vérifier
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Licence

MIT

--- Tranlated By Open Ai Tx | Last indexed: 2026-07-17 ---