P R O T E Í N A V I S T A

Explora estructuras moleculares en tu terminal

Partícula núcleo de nucleosoma con proteínas histonas y ADN renderizado en modo FullHD

_{Partícula núcleo de nucleosoma — octámero de histonas envuelto en ADN, renderizado con el protocolo gráfico Kitty}

Visor de estructuras moleculares para terminal — carga, rota y explora proteínas, ácidos nucleicos y pequeñas moléculas desde archivos PDB/CIF directamente en tu terminal. Sin navegador, sin GUI, sin dependencias.

Características

3 modos de renderizado — Braille, HD y FullHD (Sixel/Kitty) con detección automática de SSH
Protocolo Kitty comprimido en PNG — ~10-20 veces más pequeño que RGBA sin comprimir, haciendo viable FullHD vía SSH
Visualización de cintas tipo cartoon — cintas sombreadas con Lambert y niebla de profundidad para hélices, láminas y bucles
Soporte para RNA/ADN — modos backbone, alambre y cartoon con coloreado por tipo de base
Renderizado de pequeñas moléculas — ligandos como bola y palo, iones como esferas
Análisis de interfaz — contactos entre cadenas, bolsillos de unión y visualización de interacciones (puentes de hidrógeno, puentes salinos, contactos hidrofóbicos)
7 esquemas de color — estructura, cadena, elemento (CPK), factor B, arcoíris, pLDDT (AlphaFold)
Controles interactivos — rotación estilo vim, zoom, paneo con auto-rotación
PDB & mmCIF — soporte para ambos formatos, con descarga desde RCSB PDB (--fetch)
Binario estático único — sin dependencias en tiempo de ejecución

Modos de Renderizado

Tres niveles de renderizado para adaptarse a tu terminal y conexión:

Comparación de renderizado Braille vs HD vs FullHD

_{Izquierda: Braille (funciona en todas partes, incluyendo SSH/tmux) · Centro: HD (braille sombreado con Lambert) · Derecha: FullHD (gráficos de píxeles Kitty)}

| Modo | Tecla | Calidad | Rendimiento SSH | |------|-------|---------|-----------------| | Braille | predeterminado | Basado en texto, monocromo por celda | Excelente | | HD | m | Braille sombreado con iluminación + niebla de profundidad | Excelente | | FullHD | M | Gráficos de píxeles Sixel/Kitty | Bueno (PNG comprimido) |

--hd detecta SSH: por defecto usa HD en SSH, FullHD localmente. Usa --fullhd para forzar gráficos de píxeles.

Modos de Visualización

Modos de visualización Cartoon, Wireframe y Backbone

_{Izquierda: Cartoon (cinta) · Centro: Wireframe (todo átomo) · Derecha: Backbone (traza CA)}

| Modo | Descripción | |------|-------------| | Cartoon | Renderizado de cinta suave — hélices, hojas beta y vueltas con sombreado Lambert. Predeterminado. | | Wireframe | Enlaces de todos los átomos incluyendo enlaces peptídicos y fosfodiéster entre residuos. | | Backbone | Traza CA (proteínas) / traza C4' (ácidos nucleicos) con esferas y líneas gruesas conectivas. |

Análisis de Interfaz e Interacciones

Análisis de interfaz con visualización de interacciones

_{Izquierda: Coloración de residuos de interfaz con panel lateral · Derecha: Líneas de interacción discontinuas (puentes de hidrógeno, puentes salinos, contactos hidrofóbicos)}

Presione f para alternar el modo de interfaz — resalta los residuos de contacto a través de los límites de cadenas con un panel lateral detallado. Presione I para superponer líneas de interacción:

| Color | Interacción | Distancia | |-------|-------------|----------| | Cian | Puente de hidrógeno | ≤ 3.5 Å | | Rojo | Puente salino | ≤ 4.0 Å | | Amarillo | Contacto hidrofóbico | ≤ 4.5 Å | | Gris | Otro | ≤ 4.5 Å |

Ácidos nucleicos

Doble hélice de B-ADN con coloración por elemento (CPK)

_{Dodecámero de B-ADN en modo alambre con coloración por elemento CPK}

Soporte completo para estructuras de ADN y ARN — trazos de la columna vertebral, enlaces en modo alambre y cintas tipo caricatura con coloración por tipo de base nucleotídica (A=rojo, U/T=azul, G=verde, C=amarillo).

AlphaFold y pLDDT

Predicción de AlphaFold con coloración de confianza pLDDT

_{Predicción de AlphaFold con coloración de confianza pLDDT — azul (alta confianza) a naranja/amarillo (baja confianza)}

Detecta automáticamente estructuras de AlphaFold y ofrece coloración de confianza pLDDT. Cambie los esquemas de color con c.

Instalación

Requiere Rust 1.85+. Si no tienes Rust, instálalo con:

curl --proto '=https' --tlsv1.2 -sSf https://sh.rustup.rs | sh

Luego instala proteinview:

git clone https://github.com/001TMF/ProteinView.git
cd ProteinView
Basic install
cargo install --path .
With RCSB PDB fetch support
cargo install --path . --features fetch
Update an existing installation
cargo install --path . --force

Inicio Rápido

# View a local PDB file
proteinview examples/1AOI.pdb
HD mode (fast text-based shading)
proteinview examples/4HHB.pdb --hd
FullHD pixel mode (Kitty/Sixel terminals)
proteinview examples/4HHB.pdb --fullhd
Fetch from RCSB PDB
proteinview --fetch 1UBQ
Choose color scheme and visualization
proteinview examples/1UBQ.pdb --color rainbow --mode wireframe

Atajos de Teclado

| Tecla | Acción | |-------|--------| | h/l | Rotar Y | | j/k | Rotar X | | u/i | Rodar | | +/- | Zoom | | w/a/s/d | Desplazar | | r | Restablecer vista | | c | Cambiar esquema de colores | | v | Cambiar modo de visualización | | m | Braille / HD | | M | HD / FullHD | | f | Análisis de interfaz | | I | Interacciones de interfaz | | g | Alternar ligandos | | [/] | Cadena anterior/siguiente | | Space | Rotación automática | | ? | Ayuda | | q | Salir |

Esquemas de Colores

| Esquema | Descripción | |---------|-------------| | Estructura | Hélice (rojo), hoja (amarillo), lazo (verde). Por defecto. | | Cadena | Color distinto por cadena. | | Elemento | Colores CPK (C, N, O, S, P, metales). | | B-factor | Azul (rígido) a rojo (flexible). | | Arcoíris | N-terminus (azul) a C-terminus (rojo). | | pLDDT | Confianza AlphaFold (azul=alta, naranja=baja). |

Soporte de Terminal

| Terminal | Braille | HD | FullHD | |----------|---------|----|--------| | Cualquier terminal Unicode | Sí | Sí | -- | | Kitty | Sí | Sí | Sí (PNG) |

| WezTerm | Sí | Sí | Sí (Sixel) | | iTerm2 | Sí | Sí | Sí | | foot | Sí | Sí | Sí (Sixel) | | tmux/screen | Sí | Sí | -- |

Construcción

cargo build --release
With RCSB fetch support
cargo build --release --features fetch

Contribuyendo

¡Las contribuciones son bienvenidas! Aquí te mostramos cómo empezar:

Haz un fork del repositorio
Crea una rama de funciones (git checkout -b feature/mi-funcion)
Realiza tus cambios y añade pruebas
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